El comandament de la defensa ha de tenir una estructura jerarquitzada en ares de la seva màxima eficàcia i eficiència. No obstant això, ha de basar-se en la descentralització i l’autonomia territorial i sectorial, tant en la definició de la política com en la realització d’accions. Cal definir els límits competencials i aplicar les dinàmiques de la sociocràcia que permeten complementar l’efectivitat operativa i la legitimitat participativa.
Cal diferenciar dos àmbits organitzatius: el polític i l’operatiu. El primer analitza, dissenya i decideix les polítiques de defensa i la direcció estratègica de la defensa i l’acció exterior per la pau, el segon les executa. El primer sorgeix de la voluntat democràtica dels ciutadans i està sota control parlamentari. Territorialment les administracions de les vegueries, comarques i municipis hi ha d’estar incardinades.
El segon és mixt, una part de l’administració, dotada de tècnics i funcionaris, i una altra part el cos de voluntaris per l’AutoDefensa Noviolenta amb estructura territorial i sectorial. El comandament del primer correspon al President de Catalunya assistit per un Conseller de la Pau i la Defensa. El comandament del segon correspon al Cap d’Estat Major de les Forces de Pau nomenat pel govern amb dependència del Conseller.
El pressupost inclourà recursos per ambdues estructures. Caldrà avaluar les necessitats en recursos humans i econòmics, però seran molt inferiors a les necessàries d’un sistema de defensa militar. La Conselleria disposarà d’unitats especialitzades entre d’altres, en: estudis, plans i estratègies, formació i entrenament, intel·ligència, cooperació per la pau, sistemes de comunicació i dades, logística, infraestructures i enginyeria.
